孫立人在民國38年（1949年）在台灣負責軍隊整訓，但一開始從大陸撤退來臺的部隊，對於孫立人不透過體制，直接指揮深不以為然，闕漢騫就向蔣陳情，孫立人以數通電話要求指揮闕的軍隊，且態度傲慢。
由於孫立人訓練的新軍在古寧頭戰役中表現優異，加上與美國的關係甚佳，因此蔣中正復行視事後，3月17日發佈調升孫為陸軍總司令，另兼陸軍訓練司令。美國對過去蔣的領導頗多意見，與孫的接觸相當頻繁，美國遠東事務助理國務卿魯斯克證實，孫與美國確實有討論到兵變的問題。 蔣決定將陸軍軍官學校第四軍官班所在地鳳山訓練部，改組為陸軍軍官學校，另外任命校長，孫不同意，要求由其兼任。 民國43年（1954年）6月，蔣發佈命令陸軍總司令孫立人另有任用，任黃杰為陸軍總司令，任命孫為總統府參軍長，亦即拔去孫的軍事領導權。民國44年（1955年）5月下旬，蔣前往高雄閱兵時發生類似兵變事件，政府藉此逮捕並審訊孫的部屬郭廷亮等人，並以「通匪」之名判刑，孫立人也遭訊問，之後長期被監管。
