民國軍閥中，除了爭搶北京控制權的直系、皖系、奉系與國民軍系之外，在南方亦有軍閥勢力裂據各省，以滇系、桂系、粵系最為重要。
滇系是南方最早出現的一個軍系，其源頭在蔡鍔發起的護國軍之役。民國四年（1915年）12月25日，蔡鍔宣布雲南獨立，組織反抗北京中央的護國軍，出兵前往四川，與他一同舉兵的有唐繼堯與李烈鈞。迨袁世凱死後，蔡鍔雖被延聘至中央，但不久後卻在日本病逝，旗下護國軍便由唐繼堯繼續率領，後雖分裂出顧品珍一系的滇軍，但仍以唐繼堯的勢力最大。
桂系由參與護國軍之役的陸榮廷為首，以桂人治桂為口號，排除其他省籍人士，護國戰爭結束之後，陸榮廷復被任命為廣東督軍，其力量控有兩廣，是為舊桂系。
南方軍系中，一直到民國三十八年（1949年）中華民國中央政府遷台之前，滇系與新桂系都仍是中國國民黨內相當重要的地方勢力，其力量直到中共建政，且進至雲南、廣西之後，才完全消亡。
